ISCOMAR tiene un compromiso activo en la preservación del medio ambiente y más concretamente con el entorno marino donde se desarrolla la actividad de los buques.

Desde el punto de vista de los residuos generados por el buque que pueden dañar el ecosistema marino, se lleva a cabo en todos los buques una clasificación de las basuras generadas, las cuales se depositan en contenedores en los puertos para su posterior retirada por parte de una empresa autorizada por la Autoridad Portuaria correspondiente, asimismo se realiza la recogida de los residuos oleosos generados en el buque, para su posterior tratamiento. Todos los buques disponen de los preceptivos certificados MARPOL de recogidas de basura y residuos oleosos donde se certifica que éstos han sido entregados a una empresa autorizada para acometer dicho trabajo

Una prueba más del compromiso de Iscomar con el medio ambiente ha sido decidir aplicar el más moderno y ecológico sistema de pintado en el casco de sus buques. Este sistema (Intersleek 900 de International Paint) reduce significativamente el consumo de combustible y disminuye las emisiones de CO₂ y SO₂ a la atmósfera, al estar basado en una novedosa tecnología de última generación totalmente libre de la generación de sustancias nocivas para el medio ambiente marino.
El barco Isabel del Mar ha sido el primero en recibir este tratamiento que Iscomar continuará con todos sus barcos al entrar en varada, estimando que para 2011 una reducción de sus emisiones en más de dos milliones de toneladas por año.